IdiPAZ resulta de la unión, mediante un vínculo jurídico en forma de convenio, entre el Hospital Universitario La Paz, la Universidad Autónoma de Madrid, la Agencia para la Formación, Investigación y Estudios Sanitarios de la Comunidad de Madrid Pedro Laín Entralgo y la Fundación para la Investigación Biomédica del Hospital Universitario La Paz – FIBHULP que es el órgano gestor del Instituto. De acuerdo con dicho Convenio, la finalidad de IdiPAZ es fomentar la colaboración entre investigadores, promover la investigación biomédica traslacional y la innovación, fomentar la colaboración entre los centros que forman el IdiPAZ, favorecer la formación de investigadores (prestando especial atención a la formación de los profesionales sanitarios), incrementar la “masa crítica” a nivel local, las sinergias y el uso eficiente de las infraestructuras disponibles, fomentar la participación de grupos en investigación en red, así como la difusión de los resultados de investigación y la captación de recursos.

Tras el Convenio de Colaboración, firmado el 14 de abril de 2021, entre el Servicio Madrileño de Salud, la Universidad Autónoma de Madrid (UAM), la Universidad Europea de Madrid (UEM) y la Fundación para la Investigación Biomédica del Hospital la Paz (FIBHULP), el IdiPAZ queda compuesto por la asociación de personal docente e investigador de la Universidad Autónoma de Madrid (UAM), la Universidad Europea de Madrid (UEM), el Hospital Universitario La Paz (HULP) y el Hospital Universitario de Getafe (HUG).

La relación entre todas las instituciones que forman parte de IdiPAZ es fruto de una colaboración muy dilatada en el tiempo, como así lo atestiguan los diferentes convenios entre las diferentes instituciones. El documento de nacimiento de IdiPAZ, en forma de Convenio, se firmó el 15 de diciembre de 2009 por los representantes de las instituciones que formaban IdiPAZ. 
 

Desde su constitución formal es una institución acreditada por el Instituto de Salud Carlos III (ISCIII), renovando esta acreditación en mayo del 2015. En febrero de 2020 se ha vuelto a renovar la acreditación por cinco años.

La actividad científica de IdiPAZ se desarrolla en torno a siete áreas de investigación:

Considerando el análisis de los objetivos definidos para cada una de las áreas y grupos de investigación, se podrán redefinir las áreas estratégicas y los grupos que las integran. En función de los resultados de las evaluaciones del Comité Científico Externo, pueden entrar a formar parte de IdiPAZ áreas que ahora no aparecen como estratégicas, dando así la oportunidad a un mayor número de grupos de investigación de otros campos de investigación. 

La Estructura Científica de IdiPAZ adscribe a sus componentes según cuatro categorías:

Grupo Emergente: Conjunto de investigadores agrupados en torno a un director de grupo que colaboran en el estudio de una temática homogénea y que poseen, como mínimo, las siguientes características:

Grupo Consolidado: Conjunto de investigadores agrupados en torno a un director de grupo que colaboran en el estudio de una temática homogénea y que poseen, como mínimo, las siguientes características:

Grupo Excelente: Conjunto de investigadores agrupados en torno a un Director de Grupo que colaboran en el estudio de una temática homogénea y que poseen, como mínimo, las siguientes características en los últimos 5 años:

Excepcionalmente, en aquellos grupos que no cumplan los criterios establecidos pero su calidad científica sea muy elevada, quedará a consideración del Comité Científico Externo

Clínico Asociado: incluye aquellos investigadores que realizan actividad investigadora como investigador principial (IP), co-IPs o investigadores colaboradores en un proyecto de concurrencia competitiva gestionado por la FIBHULP y que no están incluidos en ningún grupo de investigación de IdiPAZ.

El principal objetivo de la creación de los Institutos de Investigación Sanitaria es la convergencia entre la investigación básica y la clínica de forma que se obtengan grupos que realicen investigación traslacional de calidad. La estructura de gestión centralizada de IdiPAZ facilita el acceso a la información de los proyectos a los investigadores, dotándoles de nuevas herramientas para el control interno de sus proyectos. Por otra parte, la pertenencia a un Instituto de Investigación Sanitaria permite a sus investigadores concurrir a convocatorias públicas de captación de fondos para investigación específicas para estas entidades. 

La Estructura Científica de IdiPAZ es dinámica y abierta a la nueva incorporación de investigadores, grupos de investigación e instituciones. Además, la estratégica situación en la que se encuentra el Hospital Universitario La Paz e IdiPAZ, rodeado de instituciones punteras en investigación, favorece la futura incorporación de nuevos grupos.

Para tramitar nuevas incorporaciones de investigadores o grupos, IdiPAZ dispone de diferentes Procedimientos Normalizados de Trabajo (PNTs).

El Comité Científico Externo (CCE) de IdiPAZ, formado por reputados investigadores nacionales e internacionales, se reunirá periódicamente para evaluar a los grupos candidatos, corroborando que cumplan los requisitos mínimos para formar parte de la estructura de IdiPAZ. Una vez que el CCE de una evaluación favorable, será el Consejo Rector quien aprobará definitivamente su entrada en el IdiPAZ. 

Cada investigador sólo puede pertenecer a un grupo de investigación dentro de la estructura organizativa de IdiPAZ y a un solo Instituto de Investigación Sanitaria. 

Existe una normativa de filiación corporativa para los investigadores de IdiPAZ. Además de la filiación que deseen poner, en la cita de las publicaciones científicas deberá aparecer obligatoriamente IdiPAZ. Es decisión del firmante del artículo desarrollar o no el acrónimo de IdiPAZ. El desarrollo correcto en castellano es "Instituto de Investigación Sanitaria del Hospital Universitario La Paz" y en inglés "Hospital La Paz Institute for Health Research".