Las enfermedades infecciosas son la patología más frecuente en la infancia. Nuestro grupo está focalizado en el estudio de las infecciones pediátricas con especial atención a las asociadas a virus desde un punto de vista multidisciplinar y con aplicación de las técnicas de metagenómica al conocimiento de dichas infecciones y con el estudio de la respuesta inmune del huésped.
Las infecciones respiratorias agudas (IRAs) del tracto respiratorio inferior son las más frecuentes en humanos y suponen al menos 4 millones de muertes anualmente en el mundo. De ellas una importante proporción ocurren en niños. En nuestro país, las IRAs son la causa más frecuente de hospitalización en menores de 2 años. Mediante la aplicación de la metagenómica al diseño y desarrollo de técnicas de diagnóstico de las IRAs nos proponemos incrementar el conocimiento de las infecciones virales en niños de todas las edades, hospitalizados o ambulantes. La metagenómica nos puede permitir reconocer nuevos virus y profundizar en el conocimiento de los existentes. Cualquier nuevo desarrollo tecnológico y su aplicación a la infección respiratoria, supondrá una mejora en el diagnóstico de estas infecciones y se aplicará de forma inmediata a resolver alertas de salud pública en infecciones respiratorias como es el caso del MERS-CoV, la gripe aviar o de otras pandemias de gripe. La pandemia causada por SARS-CoV-2 y la enfermedad COVID-19 en niños ha ocupado gran parte de la investigación de nuestro grupo desde su aparición.
Estamos interesados también en el estudio de la respuesta inmunológica del niño ante las infecciones virales y los mecanismos que permiten el desarrollo posterior de sibilancias recurrentes y asma (la patología crónica más frecuente en la infancia).
Las infecciones virales emergentes tienen también un importante papel en la patología de la infancia.  Recientemente los picornavirus, en especial parechovirus humano y enterovirus están causando epidemias de infecciones severas neurológicas causantes de morbilidad y mortalidad. Se están asociando a un amplio rango de patologías que oscilan desde síndromes febriles a cuadros respiratorios, neurológicos y sistémicos. En recién nacidos, estas infecciones pueden ser graves e incluso mortales. La vigilancia de estas enfermedades polio-like es también un motivo de preocupación para la salud pública y es uno de los objetivos de nuestro grupo. 
Finalmente, estudiar las infecciones en grupos de niños vulnerables y de alto riesgo que a menudo son los grandes olvidados (recién nacidos, enfermedad pulmonar crónica, inmunodeficientes, pacientes oncológicos…) es también una prioridad de nuestro grupo. En este sentido, hemos incluido recientemente una línea de zoonosis y otras infecciones emergentes como la infección fúngica invasora.